WWW.CHEM-IS-TRY.ORG
WWW.KIMIA.UNNES.AC.ID
WWW.CHEMPUTE.COM
WWW.KOMPUTASI.LIPI.GO.ID
WWW.COMPUTATIONAL-CHEMISTRY.CO.UK
www.chemistry-software.com
www.users.ugent.de
www.chem4free.info
www.l-chem.com
Kamis, 05 Januari 2012
chemsketch
This application is a handy and complex chemical structure creator.
Visualize a chemically intelligent drawing interface that provides a portal to an entire range of analytical tools, and facilitates the transformation of structural or analytical data into professional, easy-to-decipher reports or presentations.
Advanced Chemistry Development, Inc., (ACD/Labs) has developed such an interface, and has integrated it with every desktop software module they produce. To date, over 800,000 chemists have incorporated ACD/Labs' chemical drawing and graphics package, ACD/ChemSketch, into their daily routines. Academic institutions worldwide have adopted this software as an interactive teaching tool to simplify and convey chemistry concepts to their students, and publishing bodies such as Thieme, the publisher of Science of Synthesis, consider it to be "...supportive of the organic chemistry publisher's role, both in the construction of compounds and their basic analysis."
ACD/ChemSketch is an advanced chemical drawing tool and is the accepted interface for the industry's best NMR and molecular property predictions, nomenclature, and analytical data handling software.
Here are some key features of "ACD/ChemSketch":
· Drawing of Molecular Structures
· Select atom, click, and drag to create bonds.
· "Chemical intelligence" automatically assigns hydrogen atoms and charges to fill valence and shows when the valence limit of bonding has been exceeded.
· Create chemical structures from InChI and SMILES codes.
· Wide range of special bond types - aromatic, delocalized, undefined single and double stereo, quadruple, and several presentations of coordination bonds.
· Draw Markush structures (generic view), structures with delocalization and polymers.
· Create special Markush structures with added or removed mass or fragments to describe metabolic and mass-spectral transformations.
· Present reactions: draw, import/export, map atom-atom transformation (manual as well as automatic), and edit reaction conditions.
· Customize display properties, e.g., atom numbering, chemical symbols, valence, and so forth.
· Control Hydrogen position near each atom.
· Hundreds of structures in the template window.
· Use the "Clean" option for the entire molecule or user-selected fragments.
· Change a drawing's appearance to a different style (e.g., J. Org. Chem. style) in one step.
· Paste structures drawn in other applications or import them as a file.
· Apply powerful 3D and 2D rotation, and move/resize features.
· Structure Search
· Our Search for Structure system allows you to seek out chemical structures in various file formats throughout your computer's file systems. These formats include: SK2, MOL, SDF, SKC, CHM, CDX, RXN, and PDF (Adobe Acrobat); DOC (Microsoft Word), XLS (Microsoft Excel), and PPT (Microsoft PowerPoint), and ACD/Labs databases: CUD, HUD, CFD, NDB, ND5, and INT. Microsoft Word documents with structures created in ChemDraw or MDL ISIS can also be retrieved. Not only can you perform exact structure searches, but you can also search by substructure. Added options allow you to preview search results, open search result documents in ChemSketch as well as in other applications, and store search results for later access.
· Chemistry
· Draw 2D structures and obtain 3D models with the geometry optimization button.
· Instantly display chemical formula, molecular weight, percentage composition, and estimated macroscopic properties: molar refractivity, refractive index, molar volume, density, parachor, and others.
· Generate InChI unique identifiers for chemical structures and chemical structures from InChI.
· Expanded Periodic Table of Elements includes physical and NMR properties and isotope composition for each element. Images of elements in their natural form are included.
· Draw reactions and complex chemical schemes with manual or automatic mapping.
· Calculate quantities for chemical reactions and solutions.
· Update the internal database of fragment names and abbreviations with your own data.
· Spell-check chemical abbreviated structures.
· Save and read standard graphic formats (PDF, BMP, WMF, GIF, PNG, JPG, TIFF, and PCX).
· Reporting
· Create professional chemistry-related reports and presentations.
· Export your ChemSketch files to Adobe Acrobat PDF format.
· Cut and paste structures and chemical information directly into your favorite Windows application and maintain OLE links.
· With ChemSketch Goodies, convert your pages into HTML.
· Use other ACD/Labs data (i.e., 1D NMR Spectrum) to generate stunning reports and presentations.
· Create templates for generating reports from other ACD/Labs products by your own rules or company standards.
· Document properties option that includes user and document information.
· Create templates for ChemSketch documents including owner, date, file name, page numbers, and various data.
· Simplify document editing and print only high quality documents using the Print Preview option for up to 10,000 pages.
· Enhanced Graphics
· General drawing tools such as lines, polygons, Bezier curves, and arrows.
· Custom graphic templates.
· Numerous colors and object styles.
· Enhanced text processing.
· Create tables, edit a quantity of columns and rows, change their size, insert and remove any object into (from) table cells, auto-split large tables keeping logical integrity of a table (virtual tables), etc.
· Rotate text & graphics.
· Chemistry-specific graphics such as electron orbitals (s, p, d, f) and Lewis dot(s).
· Save and read standard graphic formats (PDF, BMP, WMF, GIF, TIFF, and PCX).
· ACD/Dictionary
· ACD/3D Viewer
· ACD/Name (Restricted Freeware Version)
· ACD/Tautomers
· ACD/Labs Extension for ChemDraw
· ACD/I-Lab Add-on for ChemSketch
· ACD/ChemBasic and the Goodies Package
· SDF Viewer (restricted Version of ACD/ChemFolder)
Visualize a chemically intelligent drawing interface that provides a portal to an entire range of analytical tools, and facilitates the transformation of structural or analytical data into professional, easy-to-decipher reports or presentations.
Advanced Chemistry Development, Inc., (ACD/Labs) has developed such an interface, and has integrated it with every desktop software module they produce. To date, over 800,000 chemists have incorporated ACD/Labs' chemical drawing and graphics package, ACD/ChemSketch, into their daily routines. Academic institutions worldwide have adopted this software as an interactive teaching tool to simplify and convey chemistry concepts to their students, and publishing bodies such as Thieme, the publisher of Science of Synthesis, consider it to be "...supportive of the organic chemistry publisher's role, both in the construction of compounds and their basic analysis."
ACD/ChemSketch is an advanced chemical drawing tool and is the accepted interface for the industry's best NMR and molecular property predictions, nomenclature, and analytical data handling software.
Here are some key features of "ACD/ChemSketch":
· Drawing of Molecular Structures
· Select atom, click, and drag to create bonds.
· "Chemical intelligence" automatically assigns hydrogen atoms and charges to fill valence and shows when the valence limit of bonding has been exceeded.
· Create chemical structures from InChI and SMILES codes.
· Wide range of special bond types - aromatic, delocalized, undefined single and double stereo, quadruple, and several presentations of coordination bonds.
· Draw Markush structures (generic view), structures with delocalization and polymers.
· Create special Markush structures with added or removed mass or fragments to describe metabolic and mass-spectral transformations.
· Present reactions: draw, import/export, map atom-atom transformation (manual as well as automatic), and edit reaction conditions.
· Customize display properties, e.g., atom numbering, chemical symbols, valence, and so forth.
· Control Hydrogen position near each atom.
· Hundreds of structures in the template window.
· Use the "Clean" option for the entire molecule or user-selected fragments.
· Change a drawing's appearance to a different style (e.g., J. Org. Chem. style) in one step.
· Paste structures drawn in other applications or import them as a file.
· Apply powerful 3D and 2D rotation, and move/resize features.
· Structure Search
· Our Search for Structure system allows you to seek out chemical structures in various file formats throughout your computer's file systems. These formats include: SK2, MOL, SDF, SKC, CHM, CDX, RXN, and PDF (Adobe Acrobat); DOC (Microsoft Word), XLS (Microsoft Excel), and PPT (Microsoft PowerPoint), and ACD/Labs databases: CUD, HUD, CFD, NDB, ND5, and INT. Microsoft Word documents with structures created in ChemDraw or MDL ISIS can also be retrieved. Not only can you perform exact structure searches, but you can also search by substructure. Added options allow you to preview search results, open search result documents in ChemSketch as well as in other applications, and store search results for later access.
· Chemistry
· Draw 2D structures and obtain 3D models with the geometry optimization button.
· Instantly display chemical formula, molecular weight, percentage composition, and estimated macroscopic properties: molar refractivity, refractive index, molar volume, density, parachor, and others.
· Generate InChI unique identifiers for chemical structures and chemical structures from InChI.
· Expanded Periodic Table of Elements includes physical and NMR properties and isotope composition for each element. Images of elements in their natural form are included.
· Draw reactions and complex chemical schemes with manual or automatic mapping.
· Calculate quantities for chemical reactions and solutions.
· Update the internal database of fragment names and abbreviations with your own data.
· Spell-check chemical abbreviated structures.
· Save and read standard graphic formats (PDF, BMP, WMF, GIF, PNG, JPG, TIFF, and PCX).
· Reporting
· Create professional chemistry-related reports and presentations.
· Export your ChemSketch files to Adobe Acrobat PDF format.
· Cut and paste structures and chemical information directly into your favorite Windows application and maintain OLE links.
· With ChemSketch Goodies, convert your pages into HTML.
· Use other ACD/Labs data (i.e., 1D NMR Spectrum) to generate stunning reports and presentations.
· Create templates for generating reports from other ACD/Labs products by your own rules or company standards.
· Document properties option that includes user and document information.
· Create templates for ChemSketch documents including owner, date, file name, page numbers, and various data.
· Simplify document editing and print only high quality documents using the Print Preview option for up to 10,000 pages.
· Enhanced Graphics
· General drawing tools such as lines, polygons, Bezier curves, and arrows.
· Custom graphic templates.
· Numerous colors and object styles.
· Enhanced text processing.
· Create tables, edit a quantity of columns and rows, change their size, insert and remove any object into (from) table cells, auto-split large tables keeping logical integrity of a table (virtual tables), etc.
· Rotate text & graphics.
· Chemistry-specific graphics such as electron orbitals (s, p, d, f) and Lewis dot(s).
· Save and read standard graphic formats (PDF, BMP, WMF, GIF, TIFF, and PCX).
· ACD/Dictionary
· ACD/3D Viewer
· ACD/Name (Restricted Freeware Version)
· ACD/Tautomers
· ACD/Labs Extension for ChemDraw
· ACD/I-Lab Add-on for ChemSketch
· ACD/ChemBasic and the Goodies Package
· SDF Viewer (restricted Version of ACD/ChemFolder)
Sekilas tentang G-protein coupled receptor (GPCR) di awal tahun 2012
Menurut tautan ini: http://pubs.acs.org/subscribe/journals/mdd/v07/i11/html/1104feature_filmore.html, sekitar 40% obat resep (ethical) yang beredar di pasar beraksi pada keluarga reseptor ini, G-protein coupled receptors (GPCRs). Jadi, jika anda tiba-tiba diangkat menjadi direktur penelitian dan pengembangan sebuah perusahaan yang akan mengembangkan obat baru maka peluang anda untuk sukses relatif besar dengan memfokuskan seluruh usaha perusahaan pada keluarga reseptor ini. Setidaknya itu menurut artikel di tautan tersebut di atas. Sebagai contoh, sejarah mencatat anti histamin H1 Fexofenadine (nama dagang: Allegra, Telfast, Fastofen, Tilfur, Vifas, Telfexo, Allerfexo) menjadi blockbuster dengan membukukan 1,87 x 10^9 USD pada tahun 2004 dan anti histamin H2 Cimetidine (nama dagang: Tagamet) menjadi obat pertama yang mencapai penjualan 10^9 USD dalam satu tahun. Reseptor histamin H1 dan H2 merupakan salah dua dari keluarga reseptor GPCRs ini. Dua reseptor tersebut merupakan contoh kisah sukses dalam dunia kimia medisinal. Dan masih banyak lagi. Sebagai informasi, saat ini perusahaan farmasi dan akademia kimia medisinal bahu membahu (sekaligus berkompetisi) dalam menemukan obat anti histamin H3 dan anti histamin H4 yang sekuens asam amino reseptor targetnya ditemukan berurutan pada tahun 1999 dan 2000 (keberadaan histamin H3 sudah dihipotesiskan pada tahun 1993).
Tahun 2011 merupakan tahun keemasan bagi GPCR. Di tahun tersebut beberapa crystal structure baru reseptor-reseptor anggota keluarga GPCR berhasil diketahui dan tersedia untuk umum. Tahun ini pula hasil kompetisi pemodelan molekul dalam memprediksi struktur crystal tersebut diumumkan dan dianalisis. Dibandingkan hasil tahun sebelumnya, hasil tahun 2011 ini menggembirakan. Akurasi hasil prediksi terutama bagaimana ligan berinteraksi dengan reseptornya sudah cukup akurat. Didukung perkembangan kimia medisinal komputasi, tersedianya struktur-struktur tersebut membuka kesempatan baru dalam percepatan penemuan obat baru. Salah satu indikasinya adalah ketika pada bulan Mei diluncurkan kristal struktur histamin H1 terikat pada doxepin, hanya sekitar 4 bulan kemudian telah disubmit ke Journal of Medicinal Chemistry protokol penapisan virtual berbasis struktur yang berhasil menemukan 19 senyawa baru yang masing-masing berbeda secara struktural batang tubuhnya dari 25 senyawa yang diusulkan untuk diverifikasi in vitro. Menemukan satu saja senyawa baru itu sebuah prestasi yang membanggakan, apalagi dengan hanya menguji 25 senyawa setelah dengan berbantukan komputer manapis ~13 juta senyawa dan mendapatkan 19 senyawa baru dalam waktu ~4 bulan, itu sebuah prestasi luar biasa.
Satu hal menarik dan dapat dipelajari dari berbagai kristal struktur GPCRs adalah bahwa keluarga reseptor ini cukup konservatif dalam arti memiliki urutan asam amino pada posisi tertentu yang konservatif dan juga memiliki lokasi sisi aktif yang serupa. Bahkan pada subtipe golongan aminergik, dapat dipastikan ada asam aspartat pada posisi 3.32 yang berfungsi untuk berikatan ionik dengan gugus amin pada ligannya. Sifat ini sangat membantu dalam pemodelan molekul namun menjadi kendala ketika harus berhadapan dengan masalah selektivitas.
Dan yang tidak kalah menarik adalah bahwa reseptor tempat feromon sang senyawa penyebab jatuh cinta (?) beraksi adalah anggota keluarga GPCR. Jadi, dengan memahami reseptor ini bukan tidak mungkin suatu ketika ilmu “pelet” dapat direkayasa dan dijelaskan secara ilmiah. ;)
Kimia Komputasi, Persingkat Penemuan Obat
Proses mendesain obat baru dan mengedarkannya ke masyarakat merupakan proses panjang dan kompleks yang dapat memakan waktu bertahun-tahun (5-7 tahun) dan biaya tidak sedikit (50-100 juta dolar AS). Hal ini menjadi tantangan bagi peneliti untuk menghasilkan strategi dan upaya efektif dan ekonomis untuk penemuan obat baru. Salah satu strategi yang banyak dikembangkan untuk desain molekul obat baru adalah pemanfaatan metode kimia komputasi (computational chemistry).
Strategi penemuan obat dengan metode komputasi ini diungkapkan Prof Dr Harno Dwi Pranowo MSi dalam pidato pengukuhannya sebagai guru besar pada Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) UGM di Balai Senat, Selasa (10/2). Dalam pidato di hadapan majelis guru besar UGM, tampak pula sejumlah diplomat Austria serta pengajar FMIPA dan rekan. "Dengan metode ini, selain waktu bisa dipersingkat, juga biaya bisa ditekan," ujar-nya.
Menurut Prof Harno, metode in vitro dan in vivo lazim digunakan dalam proses penemuan obat. Komputer menawarkan metode in silico, -suatu metode yang menggunakan kemampuan komputer dalam rancang obat- sebagai komplemen dari in vitro dan in vivo. Kemampuan komputasi yang meningkat secara eksponensial merupakan peluang mengembangkan simulasi dan kalkulasi dalam merancang obat baru.
Diungkapkan, desain obat merupakan proses iterasi dimulai dengan penentuan senyawa yang menunjukkan sifat biologi penting dan diakhiri dengan langkah optimasi, baik dari profil aktivitas maupun sintesis senyawa kimia. Tanpa pengetahuan lengkap tentang proses biokimia yang bertanggung jawab terhadap aktivitas biologis, hipotesis desain obat pada umumnya didasarkan pada pengujian kemiripan struktural dan pembedaan antara molekul aktif dan tak aktif. Kombinasi antara strategi mensintesis dan uji aktivitasnya menjadi sangat rumit dan memerlukan waktu yang lama untuk sampai pada pemanfaatan obat. Dengan kemajuan di bidang kimia komputasi, peneliti dapat menggunakan komputer untuk mengoptimasi aktivitas, geometri dan reaktivitas, sebelum senyawa disintesis secara eksperimental. Hal ini dapat menghindarkan langkah sintesis suatu senyawa yang membutuhkan waktu dan biaya mahal, tetapi senyawa baru tersebut tidak memiliki aktivitas seperti yang diharapkan.
Keberadaan komputer yang dilengkapi dengan aplikasi kimia komputasi, memungkinkan ahli kimia komputasi medisinal menggambarkan senyawa obat secara tiga dimensi (3D) dan melakukan komparasi atas dasar kemiripan dan energi dengan senyawa lain yang sudah diketahui memiliki aktivitas tinggi (pharmacophore query). Berbagai senyawa turunan dan analog dapat ‘disintesis’ secara in silico atau yang sering disebut senyawa hipotetik. Aplikasi komputer melakukan kajian interaksi antara senyawa hipotetik dengan reseptor yang diketahui data struktur 3D secara in silico.
Strategi penemuan obat dengan metode komputasi ini diungkapkan Prof Dr Harno Dwi Pranowo MSi dalam pidato pengukuhannya sebagai guru besar pada Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) UGM di Balai Senat, Selasa (10/2). Dalam pidato di hadapan majelis guru besar UGM, tampak pula sejumlah diplomat Austria serta pengajar FMIPA dan rekan. "Dengan metode ini, selain waktu bisa dipersingkat, juga biaya bisa ditekan," ujar-nya.
Menurut Prof Harno, metode in vitro dan in vivo lazim digunakan dalam proses penemuan obat. Komputer menawarkan metode in silico, -suatu metode yang menggunakan kemampuan komputer dalam rancang obat- sebagai komplemen dari in vitro dan in vivo. Kemampuan komputasi yang meningkat secara eksponensial merupakan peluang mengembangkan simulasi dan kalkulasi dalam merancang obat baru.
Diungkapkan, desain obat merupakan proses iterasi dimulai dengan penentuan senyawa yang menunjukkan sifat biologi penting dan diakhiri dengan langkah optimasi, baik dari profil aktivitas maupun sintesis senyawa kimia. Tanpa pengetahuan lengkap tentang proses biokimia yang bertanggung jawab terhadap aktivitas biologis, hipotesis desain obat pada umumnya didasarkan pada pengujian kemiripan struktural dan pembedaan antara molekul aktif dan tak aktif. Kombinasi antara strategi mensintesis dan uji aktivitasnya menjadi sangat rumit dan memerlukan waktu yang lama untuk sampai pada pemanfaatan obat. Dengan kemajuan di bidang kimia komputasi, peneliti dapat menggunakan komputer untuk mengoptimasi aktivitas, geometri dan reaktivitas, sebelum senyawa disintesis secara eksperimental. Hal ini dapat menghindarkan langkah sintesis suatu senyawa yang membutuhkan waktu dan biaya mahal, tetapi senyawa baru tersebut tidak memiliki aktivitas seperti yang diharapkan.
Keberadaan komputer yang dilengkapi dengan aplikasi kimia komputasi, memungkinkan ahli kimia komputasi medisinal menggambarkan senyawa obat secara tiga dimensi (3D) dan melakukan komparasi atas dasar kemiripan dan energi dengan senyawa lain yang sudah diketahui memiliki aktivitas tinggi (pharmacophore query). Berbagai senyawa turunan dan analog dapat ‘disintesis’ secara in silico atau yang sering disebut senyawa hipotetik. Aplikasi komputer melakukan kajian interaksi antara senyawa hipotetik dengan reseptor yang diketahui data struktur 3D secara in silico.
Spartan 10, Software Kimia Komputasi
Softaware kimia komputasi sangat banyak macam dan kegunaannya. Selama ini saya hanya menggunakan sebatas untuk pengajaran saya di kelas. Yang paling sering adalah untuk mengambar stuktur senyawa untuk memberikan gambaran sedikit lebih nyata dibandingkan hanya berbicara atau sambil mengimajinasikan di otak saja. Siswa yang belum menemukan bayangan imaginasinya tentu akan kesulitan memahami konsep kimia yang saya ajarkan.
Tujuan utama berbagai software kimia komputasi adalah untuk melakukan penelitian terkait kimia teori yang menunjang kimia eksperimen. Hanya saja untuk mendapatkannya harus membayar lisensi yang terbilang tidak murah. Kalau menggunakan software yang bajakan tentu hal ini melanggar etika dan bisa saja dikenai sangsi. Meskipun demikian kalau untuk pembelajaran sering kali kita masih bisa memanfaatkannya dengan berbagai keterbatasan.
Seolah berlomba melakukan revisi, modifikasi, serta peningkatan kemampuan dan daya dukung dengan berbagai perangkat keras untuk memenuhi tuntutan akurasi dan kekomplekan komputasi dalam sistem kimia. Seperti pada Spartan 10 ini. Kita bisa melihat fiturnya antara lain Spartan 10 memberikan dorongan kinerja dan banyak fitur baru dengan tetap menjaga kemudahan penggunaan Spartan yang tak tertandingi. Spartan memfasilitasi berbagai tugas kimia komputasi, termasuk pencarian konformasi, struktur, energi, sifat spektrum, dan mengukur kesamaan molekul 3-D.
Selengkapnya fitur Spartan 10:
* Peningkatan Kinerja – Spartan’10 mendukung chipset I7 baru dari Intel, dalam praktek ini akan memperluas fungsi paralel dengan core memory 8-shared, secara signifikan ini meningkatkan fungsionalitas Paralel Spartan.
* Tampilan diagram Energi Orbital
* potensial permukaan hidrida untuk menjelajahi selektivitas nukleofilik
* Extension of T1 thermochemical recipe untuk silikon dan fosfor
* Fitur Permukaan clipping memungkinkan visualisasi dalam model grafis terhitung
* Peningkatan struktur database dan pilihan pencarian reaksi
* Peningkatan kemampuan pencarian spektrum inframerah
* Tutorial, masalah, dan Wikipedia dapat diakses dari dalam Spartan
* Sifat molekul dan atom yang diperluas dan deskriptor HKSA (Hubungan kuantitatif struktur-aktivitas)
* Perhitungan dan tampilan spektrum Raman
* Pilihan tampilan spektrum NMR termasuk DEPT, HSQC, dan HMBC
* Peningkatan akurasi pergeseran kimia 13C NMR
* Data mining, analisis statistik dan plotting
* Akses ke Sparta Spectra dan Database sifat spektra IR dan NMR, sifat molekul dan atom dan deskriptor HKSA
* Tab berbasis visualisasi pilihan untuk membuka file yang beragam; kustomisasi Toolbar untuk ikon
* Pengimplementasian Paralel frekuensi HF (Hartree Fock) dan DFT (density functional theory) dan metode RI-MP2
* Pengimplementasian penuh untuk sistem komputer 64 bit.
Dari web penyedia software Spartan ini kita juga bisa mengunduh buku gratis tentang kimia komputasi, A Guide to Molecular Mechanics and Quantum Chemical Calculations by: W.J. Hehre. Buku ini berjumlah 812 halaman yang kalau beli buku aslinya seharaga $ 75.
Rabu, 04 Januari 2012
chemtool
ChemTool, Pengkonversi Mol dan Massa Zat dari ChemPup
ChemTool sesungguhnya hanyalah sebuah file spreadsheet yang dirancang untuk penkonversian massa zat ke mol dan sebaliknya. Chemtool ini merupakan salah satu applet yang ada dalam Chempup seperti yang saya tulis di ChemPup, Applet Kimia pada Puppy Linux. Sangat sederhana namun cukup inspiratif. Ini tentu masih dapat dikembangkan lebih lanjut untuk pembuatan kalkulator khusus hanya dengan menggunakan spreadsheet. Saya sudah coba mengalihbahasakan ChemTool ini.
Ini adalah bentuk aslinya.
Berikutnya adalah hasil terjemahan dengan tidak mengubah rumus yang ada di dalam-nya.
ChemTool sesungguhnya hanyalah sebuah file spreadsheet yang dirancang untuk penkonversian massa zat ke mol dan sebaliknya. Chemtool ini merupakan salah satu applet yang ada dalam Chempup seperti yang saya tulis di ChemPup, Applet Kimia pada Puppy Linux. Sangat sederhana namun cukup inspiratif. Ini tentu masih dapat dikembangkan lebih lanjut untuk pembuatan kalkulator khusus hanya dengan menggunakan spreadsheet. Saya sudah coba mengalihbahasakan ChemTool ini.
Ini adalah bentuk aslinya.
Berikutnya adalah hasil terjemahan dengan tidak mengubah rumus yang ada di dalam-nya.
contoh analisa dalam kimia komputasi dan hyperchem
1.ANALISIS HUBUNGAN KUANTITATIF ANTARA STRUKTUR DAN
AKTIVITAS FUNGISIDA TURUNAN 1,2,4-THIADIAZOLIN
BERDASARKAN PARAMETER MOLEKULAR HASIL PERHITUNGAN
METODA PM3
Pada pengembangan senyawa baru secara laboratorium ada beberapa langkah
eksperimen yang perlu dilakukan seperti: desain, sintesis, identifikasi, purifikasi dan
uji aktivitas. Kelemahan strategi ini adalah jika semua tahapan tersebut telah
dikerjakan, namun hasil yang diperoleh (senyawa yang diteliti) ternyata mempunyai
aktivitas yang tidak lebih baik dari senyawa-senyawa yang telah ada, sehingga waktu,
biaya dan tenaga yang telah dikeluarkan akan terbuang percuma. Sebagai solusi dari
masalah di atas adalah pengujian aktivitas senyawa yang akan disintesis dengan
pemodelan molekul menggunakan komputer. Dengan komputer terlebih dahulu dapat
dicari hubungan antara struktur, baik elektronik maupun geometri dari satu ataupun
sekelompok molekul yang telah dicurigai mempunyai aktivitas tertentu. Berdasarkan
2model persamaan yang diperoleh dapat diprediksi pusat aktif (bagian dari
molekul/senyawa yang memberi sumbangan paling besar terhadap efek aktivitas),
sehingga desain molekul senyawa baru dengan aktivitas lebih tinggi dapat
dikonsentrasikan pada modifikasi pusat aktif tersebut (Richon dan Young, 1997). Hal
ini dapat membantu mengurangi kegagalan riset eksperimen serta dapat
mengefisiensikan tenaga dan biaya.
Hubungan antara struktur suatu senyawa dengan aktivitas biologisnya dapat
dinyatakan secara matematis, sehingga sering disebut Hubungan Kuantitatif
Struktur-Aktivitas (HKSA) atau Quantitative Structure-Activity Relationship (QSAR).
Asumsi mendasar dari QSAR adalah bahwa terdapat hubungan kuantitatif antara sifat
mikroskopis (struktur molekul dan sifat makroskopis/empiris (aktivitas biologis) dari
suatu molekul (Lee et al, 1996).Riset tentang sintesis dan aplikasi bahan-bahan kimia baru perlu
dikembangkan dalam rangka diversifikasi produk dan membantu menjawab
permasalahan yang dihadapi pada aktivitas manusia. Contoh pada bidang pertanian
adalah diperlukannya riset tentang senyawa-senyawa yang dapat berkhasiat sebagai
insektisida, fungisida dan herbisida. Salah satu senyawa yang dapat berperan sebagai
fungisida adalah 1,2,4-thiadiazolin (Gambar 1) dan turunannya, yang telah diteliti
oleh Nakayama et al (1995). Senyawa ini mempunyai aktivitas fungisida pada jamur
yang menyerang tanaman mentimun. Analisis QSAR pada turunan senyawa ini telah
pula dilakukan oleh Hanum (2003) dengan menggunakan parameter elektronik.
Untuk melengkapi hasil penelitian yang telah diperoleh perlu dicobakan analisis
QSAR/HKSA senyawa tersebut menggunakan parameter lain, dimana dalam
penelitian ini digunakan parameter molekular.
Untuk memperoleh hubungan antara struktur dan aktivitas yang signifikan,
pemilihan deskriptor / variabel yang akan diikutkan dalam persamaan model
merupakan langkah yang sangat menentukan (Kubinyi, 1993). Deskriptor
digolongkan menjadi deskriptor empirik dan deskriptor teoritik. Deskriptor empirik
diperoleh dari hasil percobaan eksperimental atau perhitungan yang menggunakan
parameter empirik, sedangkan deskriptor teoritik diperoleh dari perhitungan
komputasional (pemodelan molekul) yang diturunkan dari kimia teori (Lee et al,
1996). Deskriptor kimia kuantum dapat dipandang sebagai deskriptor teoritik dan
diperoleh dari perhitungan berdasarkan hukum mekanika kuantum terhadap struktur
molekul. Metode kimia kuantum dan teknik permodelan molekul memungkinkan
untuk karakterisasi sifat struktural molekul. Keuntungan yang dapat diambil dari
penggunaan deskriptor kimia kuantum dalam studi QSAR adalah: (i) senyawa beserta
substituen atau fragmennya dapat dikarakterisasi secara langsung hanya berdasar
pada struktur molekulnya, dan (ii) dapat memperkirakan mekanisme aksi dari
senyawa yang dipelajari (Karelson et al, 1996). Pada penelitian ini dilakukan analisis
QSAR pada senyawa turunan 1,2,4-thiadiazolin dengan menggunakan parameter
molekuler. Penelitian ini didasarkan pada perhitungan 13 macam parameter yang
diperoleh dari perhitungan orbital molekul, HC-QSAR yang ada pada program
Hyperchem, dan Toolkit for Estimating Physicochemical Properties of Organic
Compounds (TEPPOC).
2.QUANTITATIVE STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP ANALYSISOF CURCUMIN AND ITS DERIVATIVES AS GST INHIBITORSBASED ON COMPUTATIONAL CHEMISTRY CALCULATION
Analisis Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas Kurkumin dan Turunannya
PENDAHULUAN
Perkembangan kimia komputasi mengalamifase percepatan pada dekade terakhir ini. Salahsatu disiplin ilmu yang sangat terbantu denganperkembangan tersebut adalah Kimia Medisinal,terutama untuk studi Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas (HKSA) atau
Quantitative Structure-Activity Relationship
(QSAR). Hal ini sinergis denganperkembangan penemuan obat baru yang semakinlama diharapkan semakin efektif dan efisien.Hubungan antara struktur-aktivitas biologistersebut dinyatakan secara matematis, sehinggasering disebut sebagai Hubungan KuantitatifStruktur-Aktivitas (HKSA) atau
Quantitative Structure-Activity Relationship
(QSAR). Asumsimendasar dari HKSA adalah bahwa terdapathubungan kuantitatif antara sifat mikroskopis(struktur molekul) dan sifat makroskopis/empiris(aktivitas biologis) dari suatu molekul [1]. Istilahstruktur tidak hanya terbatas pada pengertianpengaturan ruang dan hubungan antar atom danmolekul, tetapi juga sifat fisika dan sifat kimia yangmelekat pada susunan tersebut.Senyawa-senyawa yang menjadi tren dalamperkembangan ilmu farmasi akhir-akhir ini, antara
lain adalah senyawa-senyawa inhibitor glutation S-transferase (GST). Hal ini terkait dengan sifat GSTsebagai enzim multifungsional yang memainkanperanan penting dalam detoksifikasi senyawa-senyawa elektrofilik, efektivitas senyawa antikanker[2] dan proses inflamasi [3].Kurkumin dan turunannya dilaporkan memilikiaktivitas sebagai inhibitor GST [4], namun hinggasaat ini belum pernah diteliti HKSA senyawa-senyawa tersebut sebagai inhibitor GST.
sumber:
AKTIVITAS FUNGISIDA TURUNAN 1,2,4-THIADIAZOLIN
BERDASARKAN PARAMETER MOLEKULAR HASIL PERHITUNGAN
METODA PM3
Pada pengembangan senyawa baru secara laboratorium ada beberapa langkah
eksperimen yang perlu dilakukan seperti: desain, sintesis, identifikasi, purifikasi dan
uji aktivitas. Kelemahan strategi ini adalah jika semua tahapan tersebut telah
dikerjakan, namun hasil yang diperoleh (senyawa yang diteliti) ternyata mempunyai
aktivitas yang tidak lebih baik dari senyawa-senyawa yang telah ada, sehingga waktu,
biaya dan tenaga yang telah dikeluarkan akan terbuang percuma. Sebagai solusi dari
masalah di atas adalah pengujian aktivitas senyawa yang akan disintesis dengan
pemodelan molekul menggunakan komputer. Dengan komputer terlebih dahulu dapat
dicari hubungan antara struktur, baik elektronik maupun geometri dari satu ataupun
sekelompok molekul yang telah dicurigai mempunyai aktivitas tertentu. Berdasarkan
2model persamaan yang diperoleh dapat diprediksi pusat aktif (bagian dari
molekul/senyawa yang memberi sumbangan paling besar terhadap efek aktivitas),
sehingga desain molekul senyawa baru dengan aktivitas lebih tinggi dapat
dikonsentrasikan pada modifikasi pusat aktif tersebut (Richon dan Young, 1997). Hal
ini dapat membantu mengurangi kegagalan riset eksperimen serta dapat
mengefisiensikan tenaga dan biaya.
Hubungan antara struktur suatu senyawa dengan aktivitas biologisnya dapat
dinyatakan secara matematis, sehingga sering disebut Hubungan Kuantitatif
Struktur-Aktivitas (HKSA) atau Quantitative Structure-Activity Relationship (QSAR).
Asumsi mendasar dari QSAR adalah bahwa terdapat hubungan kuantitatif antara sifat
mikroskopis (struktur molekul dan sifat makroskopis/empiris (aktivitas biologis) dari
suatu molekul (Lee et al, 1996).Riset tentang sintesis dan aplikasi bahan-bahan kimia baru perlu
dikembangkan dalam rangka diversifikasi produk dan membantu menjawab
permasalahan yang dihadapi pada aktivitas manusia. Contoh pada bidang pertanian
adalah diperlukannya riset tentang senyawa-senyawa yang dapat berkhasiat sebagai
insektisida, fungisida dan herbisida. Salah satu senyawa yang dapat berperan sebagai
fungisida adalah 1,2,4-thiadiazolin (Gambar 1) dan turunannya, yang telah diteliti
oleh Nakayama et al (1995). Senyawa ini mempunyai aktivitas fungisida pada jamur
yang menyerang tanaman mentimun. Analisis QSAR pada turunan senyawa ini telah
pula dilakukan oleh Hanum (2003) dengan menggunakan parameter elektronik.
Untuk melengkapi hasil penelitian yang telah diperoleh perlu dicobakan analisis
QSAR/HKSA senyawa tersebut menggunakan parameter lain, dimana dalam
penelitian ini digunakan parameter molekular.
Untuk memperoleh hubungan antara struktur dan aktivitas yang signifikan,
pemilihan deskriptor / variabel yang akan diikutkan dalam persamaan model
merupakan langkah yang sangat menentukan (Kubinyi, 1993). Deskriptor
digolongkan menjadi deskriptor empirik dan deskriptor teoritik. Deskriptor empirik
diperoleh dari hasil percobaan eksperimental atau perhitungan yang menggunakan
parameter empirik, sedangkan deskriptor teoritik diperoleh dari perhitungan
komputasional (pemodelan molekul) yang diturunkan dari kimia teori (Lee et al,
1996). Deskriptor kimia kuantum dapat dipandang sebagai deskriptor teoritik dan
diperoleh dari perhitungan berdasarkan hukum mekanika kuantum terhadap struktur
molekul. Metode kimia kuantum dan teknik permodelan molekul memungkinkan
untuk karakterisasi sifat struktural molekul. Keuntungan yang dapat diambil dari
penggunaan deskriptor kimia kuantum dalam studi QSAR adalah: (i) senyawa beserta
substituen atau fragmennya dapat dikarakterisasi secara langsung hanya berdasar
pada struktur molekulnya, dan (ii) dapat memperkirakan mekanisme aksi dari
senyawa yang dipelajari (Karelson et al, 1996). Pada penelitian ini dilakukan analisis
QSAR pada senyawa turunan 1,2,4-thiadiazolin dengan menggunakan parameter
molekuler. Penelitian ini didasarkan pada perhitungan 13 macam parameter yang
diperoleh dari perhitungan orbital molekul, HC-QSAR yang ada pada program
Hyperchem, dan Toolkit for Estimating Physicochemical Properties of Organic
Compounds (TEPPOC).
2.QUANTITATIVE STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP ANALYSISOF CURCUMIN AND ITS DERIVATIVES AS GST INHIBITORSBASED ON COMPUTATIONAL CHEMISTRY CALCULATION
Analisis Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas Kurkumin dan Turunannya
PENDAHULUAN
Perkembangan kimia komputasi mengalamifase percepatan pada dekade terakhir ini. Salahsatu disiplin ilmu yang sangat terbantu denganperkembangan tersebut adalah Kimia Medisinal,terutama untuk studi Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas (HKSA) atau
Quantitative Structure-Activity Relationship
(QSAR). Hal ini sinergis denganperkembangan penemuan obat baru yang semakinlama diharapkan semakin efektif dan efisien.Hubungan antara struktur-aktivitas biologistersebut dinyatakan secara matematis, sehinggasering disebut sebagai Hubungan KuantitatifStruktur-Aktivitas (HKSA) atau
Quantitative Structure-Activity Relationship
(QSAR). Asumsimendasar dari HKSA adalah bahwa terdapathubungan kuantitatif antara sifat mikroskopis(struktur molekul) dan sifat makroskopis/empiris(aktivitas biologis) dari suatu molekul [1]. Istilahstruktur tidak hanya terbatas pada pengertianpengaturan ruang dan hubungan antar atom danmolekul, tetapi juga sifat fisika dan sifat kimia yangmelekat pada susunan tersebut.Senyawa-senyawa yang menjadi tren dalamperkembangan ilmu farmasi akhir-akhir ini, antara
lain adalah senyawa-senyawa inhibitor glutation S-transferase (GST). Hal ini terkait dengan sifat GSTsebagai enzim multifungsional yang memainkanperanan penting dalam detoksifikasi senyawa-senyawa elektrofilik, efektivitas senyawa antikanker[2] dan proses inflamasi [3].Kurkumin dan turunannya dilaporkan memilikiaktivitas sebagai inhibitor GST [4], namun hinggasaat ini belum pernah diteliti HKSA senyawa-senyawa tersebut sebagai inhibitor GST.
sumber:
Chempup (linux kimia) adalah sebuah applet dari beberapa software kimia yang bisa digunakan secara gratis. Chempup ini terdapat dalam sistem operasi linux, Puppy Linux 4.2.1. Dalam menggunakannya kita tidak perlu menginstall Linux itu ke komputer kita, cukup run cd live saja dengan memasukkan CD Chempup itu dengan menyeting booting pertama dari CD drive atau Usb drive dari bios komputer kita.
Tampilannya seperti yang ada pada screenshoot web resminya adalah seperti gambar berikut:
eberapa program kimia yang terdapat pada Chempup (linux kimia) antara lain:
- GElement – Tabel periodik dengan banyak informasi pada setiap unsur yang disajikan.
- ChemCalc – link utility web berbasis java utility yang dapat digunakan untuk kepentingan perhitungan berat formula (Mr), analisis CHN, dan distribusi isotop.
- Nomen – sebuah program untuk membuat struktur 2D dari nama zat kimia kita berikan.
- JChemPaint Pembuat struktur kimia 2D yang berbasis java.
- BKChem – editor struktur zat kimia 2D yang diperluas.
- JMol – Penampil (viewer) molekul secara 3D.
- Avogadro – Pembuat melekular 3D yang powerfull, dengan optimasi medan-gaya dan simulasi dinamika molekular.
- ChemTool – Sebuah file spreadsheet yang dibuat secara khusus untuk kalkulator pengkonversi mol dan massa zat.
- Gnotebook – Sebuah file spreadsheet yang dapat digunakan untuk aktivitas laboratorium.
chem office
ChemDraw pro versi 8.0 merupakan salah satu program aplikasi dari Chem Office, untuk menggambar struktur 2D dalam bidang ilmu kimia, terutama kimia organik, biokimia, dan polimer. Software ini dapat membantu anda dalam menggambar struktur kimia dengan berbagai fasilitasnya, hanya dengan mengkliknya, tool tersebut akan bekerja untuk anda.
Tool-tool dalam ChemDraw mewakili berbagai macam bentuk ikatan yang dapat anda susun menjadi struktur kimia sehingga tidaklah sulit bagi anda untuk menggambarkan struktur yang kompleks sekalipun, bahkan juga dalam berbagai bentuk konformasi dan dalam bentuk proyeksi.
chemDraw merupakan program aplikasi untuk menggambar yang di lengkapi dengan tool-tool sehingga pengguna dapat dengan mudah membuat gambar yang diinginkannya hanya dengan mengklik tool-tool tersebut, dengan ChemDraw anda tidak akan mengalami kesulitan di dalam membuat struktur kimia. Hal ini tentu sangat membantu anda dalam menulis skripsi, thesis, karya ilmiah, ataupun jurnal, bahkan anda juga dapat mengkomunikasikan struktur yang anda miliki ke dunia web jika komputer anda di lengkapi dengan program aplikasi ChemOffice yang lain. Gambar yang telah anda buat juga dapat dengan mudah dicetak atau dibawah ke dalam program aplikasi lain seperti Ms. Word.
ChemDraw juga dapat menganalisis struktur kimia yang telah kita gambar dengan menggunakan Analys Struktur pada menu Structure, di sini anda dapat mengetahui sifat-sifat fisik struktur tersebut, misalnya, titik didih, titik leleh, berat molekul, temperatur, tekanan, dll.
source:http://networkedblogs.com
Tool-tool dalam ChemDraw mewakili berbagai macam bentuk ikatan yang dapat anda susun menjadi struktur kimia sehingga tidaklah sulit bagi anda untuk menggambarkan struktur yang kompleks sekalipun, bahkan juga dalam berbagai bentuk konformasi dan dalam bentuk proyeksi.
chemDraw merupakan program aplikasi untuk menggambar yang di lengkapi dengan tool-tool sehingga pengguna dapat dengan mudah membuat gambar yang diinginkannya hanya dengan mengklik tool-tool tersebut, dengan ChemDraw anda tidak akan mengalami kesulitan di dalam membuat struktur kimia. Hal ini tentu sangat membantu anda dalam menulis skripsi, thesis, karya ilmiah, ataupun jurnal, bahkan anda juga dapat mengkomunikasikan struktur yang anda miliki ke dunia web jika komputer anda di lengkapi dengan program aplikasi ChemOffice yang lain. Gambar yang telah anda buat juga dapat dengan mudah dicetak atau dibawah ke dalam program aplikasi lain seperti Ms. Word.
ChemDraw juga dapat menganalisis struktur kimia yang telah kita gambar dengan menggunakan Analys Struktur pada menu Structure, di sini anda dapat mengetahui sifat-sifat fisik struktur tersebut, misalnya, titik didih, titik leleh, berat molekul, temperatur, tekanan, dll.
source:http://networkedblogs.com
Kimia Komputasi dalam Pengembangan Obat
Metode kimia komputasi untuk tujuan disain molekul baru, tetutama senyawa obat, serta prediksi sifat fisiko-kimia telah menjadi metode pilihan utama sebagian besar industri farmasi berkaitan dengan pengembangan maupun penemuan obat. Aplikasi metode yang juga disebut in silico ini, berawal dari postulat dasar dalam paradigma disain obat klasik yang menyatakan bahwa efek obat dalam tubuh manusia merupakan suatu konsekuensi “molecular recognition” antara ligan (dalam hal ini obatdan sutau makromolekul (target).
Aktivitas farmakologi ligan terhadap dudukan kerjanya (action site) sangat ditentukan oleh tatanan ruang dan kerapatan elektron atom-atom ligan, dan juga bagaimana atom-atom tersebut berinteraksi dengan molekul target atau “biological conterpart” (Bohm & Klebe, 1996). Struktur, dinamika, dan interaksi demikian memungkinkan suatu karakterisasi menggunakan kimia komputasi dilakukan. Misalnya, pendekatan berbasis mekanika molekular (molecular mechanics) secara efisien dapat membantu penemuan kandidat-kandidat obat baru, dan metode komputasi yang tidak mahal ini sekarang secara rutin digunakan di dalam disain obat (Jorgensen, 2004).
Meskipun demikian, jika deskripsi sifat elektron yang diperlukan untuk tujuan disain tersebut, maka penggunaan mekanika kuantum sangat beperan. Sesungguhnya pendekatan kimia komputasi berbasis mekanika kuantum selain menjelaskan efek elektronik kuantum, juga mampu menjelaskan pembentukan dan pemutusan ikatan kimia, efek polarisai, perpindahan muatan, dst., biasanya mampu memperkirakan energi molekul lebih akurat (Cavali et al., 2006). Aplikasi mekanika kuantum berbasis ligan di dalam disain obat sejak dahulu telah diarahkan dalam pengamatan energi, geometri, dan distribusi elektron (misalnya HOMO, LUMO, momen dipol, dst.) molekul organik kecil. Perhitungan mekanika kuantum secara rutin telah juga dilakukan dalam analisis QSAR (Quantitative-Structure Activity Relationship) klasik (Lepp & Chuman, 2005), QSAR 3D (Aguirre et al., 2005) dan juga mengembangkan deskriptor kuantum (Wan et al., 2004) untuk digunakan dalam penelitian korelasi struktur-aktivitas.
Hal menarik dalam penggunaan kimiakomputasi berkaitan dengan molekul target di dalam disain obat adalah telaah analisis reaksi enzimatik dalam sistem biologis yang memiliki relevansi farmakologi (Gogonea et al., 2001), simulasi ini memungkinkan menjelaskan mekanisme substrat (inhibitor)-enzim dan lebih lanjut terhadap interaksi substrat enzim pada keadaan transisi melalui analisis energi ikat (binding energy).
Aktivitas farmakologi ligan terhadap dudukan kerjanya (action site) sangat ditentukan oleh tatanan ruang dan kerapatan elektron atom-atom ligan, dan juga bagaimana atom-atom tersebut berinteraksi dengan molekul target atau “biological conterpart” (Bohm & Klebe, 1996). Struktur, dinamika, dan interaksi demikian memungkinkan suatu karakterisasi menggunakan kimia komputasi dilakukan. Misalnya, pendekatan berbasis mekanika molekular (molecular mechanics) secara efisien dapat membantu penemuan kandidat-kandidat obat baru, dan metode komputasi yang tidak mahal ini sekarang secara rutin digunakan di dalam disain obat (Jorgensen, 2004).
Meskipun demikian, jika deskripsi sifat elektron yang diperlukan untuk tujuan disain tersebut, maka penggunaan mekanika kuantum sangat beperan. Sesungguhnya pendekatan kimia komputasi berbasis mekanika kuantum selain menjelaskan efek elektronik kuantum, juga mampu menjelaskan pembentukan dan pemutusan ikatan kimia, efek polarisai, perpindahan muatan, dst., biasanya mampu memperkirakan energi molekul lebih akurat (Cavali et al., 2006). Aplikasi mekanika kuantum berbasis ligan di dalam disain obat sejak dahulu telah diarahkan dalam pengamatan energi, geometri, dan distribusi elektron (misalnya HOMO, LUMO, momen dipol, dst.) molekul organik kecil. Perhitungan mekanika kuantum secara rutin telah juga dilakukan dalam analisis QSAR (Quantitative-Structure Activity Relationship) klasik (Lepp & Chuman, 2005), QSAR 3D (Aguirre et al., 2005) dan juga mengembangkan deskriptor kuantum (Wan et al., 2004) untuk digunakan dalam penelitian korelasi struktur-aktivitas.
Hal menarik dalam penggunaan kimiakomputasi berkaitan dengan molekul target di dalam disain obat adalah telaah analisis reaksi enzimatik dalam sistem biologis yang memiliki relevansi farmakologi (Gogonea et al., 2001), simulasi ini memungkinkan menjelaskan mekanisme substrat (inhibitor)-enzim dan lebih lanjut terhadap interaksi substrat enzim pada keadaan transisi melalui analisis energi ikat (binding energy).
perkembangan kimia komputasi
Perkembangan kimia komputasi yang sangat pesat dimulai pada tahun 1950- telah mengubah diskripsi suatu sistem kimia dengan masuknya unsur baru di antara eksperimen dan teori yaitu eksperimen komputer (Computer Experiment), dalam eksperimen komputer, model masih tetap menggunakan hasil dari pakar kimia teoritis, tetapi perhitungan dilakukan dengan komputer berdasarkan atas suatu "resep", algoritma yang dituliskan dalam bahasa pemograman. Keuntungan dari metode ini adalah dimungkinkan menghitung sifat molekul yang kompleks dan hasil perhitungannya berkorelasi secara signifikan dengan data eksperimen.
Perkembangan eksperimen komputer mengubah secara substansial hubungan tradisional antara teori dan eksperimen. Simulasi membutuhkan suatu metode yang akurat dalam memodelkan sistem yang dikaji. Simulasi sering dapat dilakukan dengan kondisi yang sangat mirip dengan eksperimen sehingga hasil perhitungan kimia komputasi dapat dibandingkan secara langsung dengan eksperimen, jika hal ini terjadi, maka simulasi bersifat sebagai alat yang sangat berguna, bukan hanya untuk memahami dan menginterpretasi data eksperiment dalam tingkat mikroskopik, tetapi dapat juga mengkaji bagian yang tidak dapat dijangkau secara eksperiment, seperti reaksi pada kondisi tekanan yang sangat tinggi atau reaksi yang melibatkan gas berbahaya.
Penelitian kimia dengan alat komputer pada era 1950-an dimulai dengan kajian hubungan struktur kimia dengan aktivitas fisiologi dari senyawa. Salah satu ahli kimia yang berjasa besar dalam bidang ini adalah John Pople yang berhasil mengkonversi teori-teori fisika dan matematika ke dalam kimia melalui program komputer. Metode kimia komputasi memungkinkan para kimiawan melakukan penentuan struktur dan sifat suatu sistem kimia dengan cepat. Bidang yang sangat terbantu dengan berkembang kimia komputasi adalah bidang kristalografi.
Dua peneliti dalam bidang kimia komputasi telah memenangkan Nobel bidang sains pada tahun 1998 yaitu Walter Kohn dengan teori fungsional kerapatan (Density Functional Theory, DFT) dan John A. Pople yang telah berjasa dalam mengembangkan metode komputasi dalam kimia kuantum, mereka telah memberi peluang para kimiawan mempelajari sifat molekul dan interaksi antara molekul. John Pople telah mengembangkan kimia kuantum sebagai suatu metode yang dapat digunakan oleh hampir semua bidang kimia dan membawa kimia ke dalam era baru yaitu eksperimen dan teori dapat bekerja bersama dalam mengeksplorasi sifat sistem molekular. Salah satu produk program komputasi kimia yang dihasilkan oleh Pople adalah GAUSSIAN.
Tahun belakangan ini dapat dilihat kenaikan jumlah orang yang berkerja pada kimia teori, kebanyakan peneliti ini adalah teoretikus kerja paruh waktu yaitu mereka yang sudah bekerja pada bidang kimia selain kimia teori. Kenaikan jumlah peneliti di bidang kimia teori ini ditunjang oleh perkembangan kemampuan komputer dan perangkat lunak yang semakin mudah digunakan, hal ini menyebabkan banyak orang yang melakukan perkerjaan di bidang kimia komputasi, walaupun tanpa mempunyai pengetahuan cukup tentang bagaimana perhitungan kimia itu dijalankan oleh komputer, sebagai hasilnya, banyak orang yang tidak mengetahui bahkan penjelasan yang sangat mendasar sekalipun tentang bagaimana perhitungan dijalankan sehingga pekerjaan yang dihasilkan dapat merupakan hasil yang sesunguhnya atau hanya berupa "sampah".
source:http://faijalchemistry.blogspot.com
Perkembangan eksperimen komputer mengubah secara substansial hubungan tradisional antara teori dan eksperimen. Simulasi membutuhkan suatu metode yang akurat dalam memodelkan sistem yang dikaji. Simulasi sering dapat dilakukan dengan kondisi yang sangat mirip dengan eksperimen sehingga hasil perhitungan kimia komputasi dapat dibandingkan secara langsung dengan eksperimen, jika hal ini terjadi, maka simulasi bersifat sebagai alat yang sangat berguna, bukan hanya untuk memahami dan menginterpretasi data eksperiment dalam tingkat mikroskopik, tetapi dapat juga mengkaji bagian yang tidak dapat dijangkau secara eksperiment, seperti reaksi pada kondisi tekanan yang sangat tinggi atau reaksi yang melibatkan gas berbahaya.
Penelitian kimia dengan alat komputer pada era 1950-an dimulai dengan kajian hubungan struktur kimia dengan aktivitas fisiologi dari senyawa. Salah satu ahli kimia yang berjasa besar dalam bidang ini adalah John Pople yang berhasil mengkonversi teori-teori fisika dan matematika ke dalam kimia melalui program komputer. Metode kimia komputasi memungkinkan para kimiawan melakukan penentuan struktur dan sifat suatu sistem kimia dengan cepat. Bidang yang sangat terbantu dengan berkembang kimia komputasi adalah bidang kristalografi.
Dua peneliti dalam bidang kimia komputasi telah memenangkan Nobel bidang sains pada tahun 1998 yaitu Walter Kohn dengan teori fungsional kerapatan (Density Functional Theory, DFT) dan John A. Pople yang telah berjasa dalam mengembangkan metode komputasi dalam kimia kuantum, mereka telah memberi peluang para kimiawan mempelajari sifat molekul dan interaksi antara molekul. John Pople telah mengembangkan kimia kuantum sebagai suatu metode yang dapat digunakan oleh hampir semua bidang kimia dan membawa kimia ke dalam era baru yaitu eksperimen dan teori dapat bekerja bersama dalam mengeksplorasi sifat sistem molekular. Salah satu produk program komputasi kimia yang dihasilkan oleh Pople adalah GAUSSIAN.
Tahun belakangan ini dapat dilihat kenaikan jumlah orang yang berkerja pada kimia teori, kebanyakan peneliti ini adalah teoretikus kerja paruh waktu yaitu mereka yang sudah bekerja pada bidang kimia selain kimia teori. Kenaikan jumlah peneliti di bidang kimia teori ini ditunjang oleh perkembangan kemampuan komputer dan perangkat lunak yang semakin mudah digunakan, hal ini menyebabkan banyak orang yang melakukan perkerjaan di bidang kimia komputasi, walaupun tanpa mempunyai pengetahuan cukup tentang bagaimana perhitungan kimia itu dijalankan oleh komputer, sebagai hasilnya, banyak orang yang tidak mengetahui bahkan penjelasan yang sangat mendasar sekalipun tentang bagaimana perhitungan dijalankan sehingga pekerjaan yang dihasilkan dapat merupakan hasil yang sesunguhnya atau hanya berupa "sampah".
source:http://faijalchemistry.blogspot.com
Manfaat kimia dalam pembelajaran
Manfaat Kimia Komputasi untuk Pembelajaran
1. Dapat menghitung sifat molekul yang kompleks dan hasil perhitungannya berkorelasi secara signifikan dengan eksperimen.
2. Dapat sebagai alat hitung –seperti halnya kalkulator- untuk membantu penyelesaian secara numerik dari persamaan matematika yang menggambarkan sifat sistem, misalnya dalam penyelesaian perhitungan stokiometri, termasuk juga otomatisasi alat ukur yang dapat mengkonversi signal elektronik menjadi data numerik.
3. Dapat sebagai alat visualisasi dan animasi
4. Membantu kita mengeksplorasi sifat senyawa dan pada umumnya program tersebut telah dilengkapi dengan visualisasi dan animasi, seperti program HyperChem, Gaussian, Turbomol, Rasmol dll.
5. Menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein atau sistem banyak molekul seperti gas, cairan, padatan, dan Kristal cair), dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata.
6. Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan sistem besar bisa mencakup kajian konformasi molekul dan perubahannya (mis. Proses denatrasi protein), perubahan fasa, serta peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis) berdasarkan perilaku di tingkat atom.
source:www.scribd.com
Istilah istilah dalam kimia komputasi
1.ab initio
Istilah “ab initio” berasal dari bahasa latin yang diberikan untuk
menandai perhitungan yang diturunkan secara langsung dari prinsip-prinsip
teoritis, tanpa memasukkan data eksperimen. Ab initio mengacu pada
perhitungan mekanika kuantum melalui beberapa pendekatan matematis,
seperti penggunaan persamaan yang disederhanakan (Born-Oppenheimer
approximation) atau pendekatan untuk penyelesaian persamaan differensial
2.Semi empiris
Perhitungan semiempiris disusun dengan cara yang secara umum
sama dengan perhitungan HF. Beberapa perhitungan, seperti integral
elektron ganda diselesaikan dengan cara pendekatan atau sama sekali
dihilangkan. Sisi baik dari perhitungan semiempiris adalah mereka lebih cepat
daripada perhitungan ab initio. Sisi buruk dari perhitungan semiempiris
adalah hasilnya sangat bergantung pada tersedianya parameter yang sesuai
dengan molekul yang dianalisis.
3.Mekanika Molekuler
Metoda yangdikenal dengan mekanika molekular menyediakan pernyataan aljabar yang
sederhana untuk energi total senyawa, tanpa harus menghitung fungsi
gelombang atau kerapatan elektron total.
4.Molecular modeling
suatu metode untuk merancang dan menganalisis struktur dan sifat-sifat molekul tertentu dengan mengunakan teknik kimia komputasional dan teknik visualisasi grafis yang bertujuan untuk menyediakan struktur geometri tiga dimensi yang sesuai dengan parameter kondisi yang telah ditentukan.
14.Kimia komputasi: cabang kimia yang menggunakan prinsip-prinsip ilmu komputer untuk membantu dalam memecahkan masalah kimia
15. Ilmu komputer: studi tentang dasar-dasar teoritis dari informasi dan komputasi. Ini juga mencakup teknik-teknik praktis untuk implementasi dan aplikasi dalam sistem komputer
16. Teori fungsional kepadatan (DFT): metode mekanis kuantum pemodelan yang digunakan dalam fisika dan kimia untuk menyelidiki struktur elektronik dari sistem banyak-tubuh
17. Hartree-Fock: metode perkiraan untuk penentuan fungsi gelombang tanah negara dan tanah-keadaan energi dari sistem banyak-tubuh kuantum
18. Hybrid fungsional: kelas perkiraan untuk pertukaran energi-korelasi fungsional dalam teori kerapatan fungsional yang menggabungkan sebagian pertukaran tepat dari Hartree-Fock teori dengan pertukaran dan korelasi dari sumber lain
19. Kombinasi linear orbital atom (LCAO): superposisi kuantum orbital atom dan teknik untuk menghitung orbital molekul
20.Slater tipe orbital: fungsi yang digunakan sebagai orbital atom dalam kombinasi linear orbital atom orbital molekul metode
Istilah “ab initio” berasal dari bahasa latin yang diberikan untuk
menandai perhitungan yang diturunkan secara langsung dari prinsip-prinsip
teoritis, tanpa memasukkan data eksperimen. Ab initio mengacu pada
perhitungan mekanika kuantum melalui beberapa pendekatan matematis,
seperti penggunaan persamaan yang disederhanakan (Born-Oppenheimer
approximation) atau pendekatan untuk penyelesaian persamaan differensial
2.Semi empiris
Perhitungan semiempiris disusun dengan cara yang secara umum
sama dengan perhitungan HF. Beberapa perhitungan, seperti integral
elektron ganda diselesaikan dengan cara pendekatan atau sama sekali
dihilangkan. Sisi baik dari perhitungan semiempiris adalah mereka lebih cepat
daripada perhitungan ab initio. Sisi buruk dari perhitungan semiempiris
adalah hasilnya sangat bergantung pada tersedianya parameter yang sesuai
dengan molekul yang dianalisis.
3.Mekanika Molekuler
Metoda yangdikenal dengan mekanika molekular menyediakan pernyataan aljabar yang
sederhana untuk energi total senyawa, tanpa harus menghitung fungsi
gelombang atau kerapatan elektron total.
4.Molecular modeling
suatu metode untuk merancang dan menganalisis struktur dan sifat-sifat molekul tertentu dengan mengunakan teknik kimia komputasional dan teknik visualisasi grafis yang bertujuan untuk menyediakan struktur geometri tiga dimensi yang sesuai dengan parameter kondisi yang telah ditentukan.
2. 5.Molecular docking
suatu teknik yang digunakan untuk mempelajari interaksi yang terjadi dari suatu kompleks molekul.Molecular docking dapat memprediksikan orientasi dari suatu molekul ke molekul yang lain ketika berikatan membentuk kompleks yang stabil
6. Kimia kuantum
6. Kimia kuantum
sebuah aplikasi mekanika kuantum pada kimia. Kimia kuantum memungkinkan kita untuk memahami dan memprediksi struktur, sifat dan mekanisme reaksi dari berbagai bahan.
7.Mekanika statistik
7.Mekanika statistik
adalah cara matematika untuk mengekstrapolasi sifat termodinamika dari materi secara keseluruhan (bulk) berpijak pada gambaran molekular dari sistem kimia.
8.Visualisasi data
8.Visualisasi data
proses menampilkan informasi dalam jenis representasi piktorial atau grafis. Sejumlah program komputer yang sekarang tersedia untuk menerapkan skema pewarnaan data atau bekerja dengan tiga dimensi representasi.
9. Orbital Gaussian atau Gaussian type orbitals (GTOs)
13.Perbandingan analisis lapangan molekul (CoMFA): teknik QSAR 3D berdasarkan data dari molekul aktif yang dikenal9. Orbital Gaussian atau Gaussian type orbitals (GTOs)
fungsi matematika yang menyatakan orbital atom dalam perhitungan orbital molekul. Istilah ini umum
digunakan dalam kimia komputasi.
10.OV (Orbital Viewer)
10.OV (Orbital Viewer)
perangkat lunak gratis untuk menggambarkan orbital atom dan molekul, membuat animasi maupun untuk melihat penampang lintang (struktur dalam) orbital. Dapat pula dibuat gambar 3D (yang dapat dilihat dengan kacamata 3D sperti yang digunakan untuk melihat sinetron 3D).
11. BS (Balls & Sticks)
perangkat lunak gratis untuk menggambarkan struktur kimia, terutama kristal, dalam 3D dan dapat menghasilkan gambar bitmap yang dapat disalin ke clipboard dan ditempelkan (paste) di dokumen pengolah kata (Word misalnya).
12. Molecular Operating Environment (MOE)
dikembangkan Chemical Computing Group. MOE selain menawarkan fasilitas yang cukup lengkap juga user-friendly sehingga cocok digunakan dalam pembelajaran. Hanya saja aplikasi kimia komputasi yang user-friendly biasanya mahal sehingga alasan efisiensi biaya tidak lagi relevan.
14.Kimia komputasi: cabang kimia yang menggunakan prinsip-prinsip ilmu komputer untuk membantu dalam memecahkan masalah kimia
15. Ilmu komputer: studi tentang dasar-dasar teoritis dari informasi dan komputasi. Ini juga mencakup teknik-teknik praktis untuk implementasi dan aplikasi dalam sistem komputer
16. Teori fungsional kepadatan (DFT): metode mekanis kuantum pemodelan yang digunakan dalam fisika dan kimia untuk menyelidiki struktur elektronik dari sistem banyak-tubuh
17. Hartree-Fock: metode perkiraan untuk penentuan fungsi gelombang tanah negara dan tanah-keadaan energi dari sistem banyak-tubuh kuantum
18. Hybrid fungsional: kelas perkiraan untuk pertukaran energi-korelasi fungsional dalam teori kerapatan fungsional yang menggabungkan sebagian pertukaran tepat dari Hartree-Fock teori dengan pertukaran dan korelasi dari sumber lain
19. Kombinasi linear orbital atom (LCAO): superposisi kuantum orbital atom dan teknik untuk menghitung orbital molekul
20.Slater tipe orbital: fungsi yang digunakan sebagai orbital atom dalam kombinasi linear orbital atom orbital molekul metode
peetunjuk penggunaan hyperchem
Beberapa toolbars yang harus dipahami dulu adalah Draw, Select, Rotate out-of-plane (XY Rotation), Rotate in-plane (Z Rotation), Translate (XY Translation), Z-Translate, Magnify/shrink/Zoom,Z-Clipping planes, dan Text Annotation. Penjelasannya sebagai berikut:
 |
: button `Drawing' untuk menampakkan sistem periodik unsur; cara melakukanya
Dengan klik 2 kali secara cepat: button `Selection' untuk memilih atom atau molekul atau untuk melihat panjang ikatan, sudut ikatan, dan sudut torsi
 |
: button `XY Rotation' untuk memutar molekul sekitar sumbu X dan Y
 |
: button `Z Rotation' untuk memutar molekul sekitar sumbu Z
 |
: button `XY Translation' untuk menggerakkan atom dan molekul sepanjang sumbu
X dan Y : button `Z Translation' untuk menggerakkan atom dan molekul sepanjang sumbu Z
: button `Zoom' untuk membesarkan atau mengecilkan sistem molekul. Caranya, tekan tombol kin mouse, gerakan ke kiri-bawah untuk membesarkan, atau gerakan ke kanan-atas untuk mengecilkan: button `Z Clipping' untuk memotong molekul
 |
: button `Text Annotation' untuk menambakkan text pada layar
PERSIAPAN MEMBUAT FILE STRUKTUR BARU
Langkah sederhananya :
Klik <File>, pilih <Preferences>, sehingga muncul tampilan berikut
Pilih pada <Window Color> <White>, supaya layar HyperChem berwarna putih.
Pilihan lain pada <Preferences> dapat dicoba sendiri.
Klik <Display>, pilih <Labels>, sehingga muncul tampilan berikut:
Pada <Labels> pilihlah <Symbol> dalam <Atoms>, lalu pilihlah <Bond Order> dalam Bonds>. Sementara pilihan manut dulu, lain kali terserah.
MEMBUAT STRUKTUR BARU
Langkah mudahnya:
Klik <File> lalu pilih <New>, supaya layar bersih
Klik button [Draw] 
2 kali dengan cepat sehingga muncul < Element Tabel>
2 kali dengan cepat sehingga muncul < Element Tabel>
Seumpama akan membuat struktur etana (CH3CH3), maka klik I kali huruf <C> pada <Element Tabel>. Ingat pilihan <Explicit Hydrogens> pada <Element Tabel> jangan dicentang (tidak dipilih dulu)
Pada layar putih klik kiri mouse 1 kali, kemudian klik kiri mouse I kali lagi dekat dengan yang pertama, seperti pada gambar
Klik kiri mouse pada C sebelah kiri, jangan dilepas dulu klik kirinya, geser atau hubungkan ke C yang kedua, sehingga terbentuk ikatan, seperti gambar berikut
|
Klik <Build> dan pilihlah <Add H & Model Build> sehingga muncul struktur berikut
Klik button toolbars yang lain untuk mengubah posisi stuktur, misalnya klik 1 kali button [XY Rotation] 
, kemudian pada layar putih klik kiri mouse dan tahan tents sambil menggeser mouse kesana-kemari. Coba pilihan lain, misal [translation], dan [zoom]
, kemudian pada layar putih klik kiri mouse dan tahan tents sambil menggeser mouse kesana-kemari. Coba pilihan lain, misal [translation], dan [zoom]MELIHAT PANJANG IKATAN, SUDUT IKATAN, DAN SUDUT TORSION
Klik <Select> dan pilihlah <Atoms>, untuk memilih atom-atom
Klik button toolbars [Select] 
1 kali saja
1 kali sajaUntuk melihat panjang ikatan, arahkan button [Select] pada garis ikatan tertentu, misalnya garis ikatan antar C, dan klik kiri mouse l kali tepat pada garis ikatan yang dipilih, maka akan muncul keterangan pada garis paling bawah layar seperti berikut ini
Jarak antar C adalah 1,54 Angstrom
Cobalah lagi pada garis ikatan lain, dan bacalah panjang ikatannya!
Untuk membebaskan kursor mouse dan memilih maka klik kanan mouse 1 kali di sembarang tempat.
4. Untuk melihat sudut ikatan H-C-H, maka klik kiri mouse dan tahan tepat di atas atom H pertama dan geserkan ke atom H kedua, lepaskan klik, dan lihat hasilnya.
Sudut antara atom nomer 6-2-7 (H-C-H) adalah 109,471°.
Coba antar 3 atom yang lain ! Misal sudut H-C-C !
5. Untuk melihat sudut torsi atom H-C-C-H, maka klik kiri mouse pada atom H pertama, tahan klik dan geserkan ke atom H kedua, sehingga muncul gambar berikut
Sudut torsi atom H-C-C-H adalah 180°
STRUKTUR 3 DIMENSI
Klik <Display>, dan pilihlah <Rendering>, muncul tampilan berikut
Pada Rendering Options terdapat berbagai pilihan : Rendering Method, Sticks, Balls, Cylinders, dan Overlapping Spheres. Misalkan pilihannya pada
Rendering Method : Balls and Cylinder
Sticks : Pilih semua, kecuali Stereo
Balls : Shading dan Highlight
Cylinder : Color by element
Overlapping Sphere : Shading dan Highlight
Maka akan diperoleh gambar 3 dimensi sebagai berikut:
Untuk berubah ke bentuk semula (misalnya Sticks) tinggal tekan tombol <F2>, bolak-balik!
Perlakukan bentuk gambar 3 dimensi ini seperti bentuk <Sticks>, misalkan untuk melihat panjang ikatan, sudut ikatan 3 atom, dan sudut torsi 4 atom pilihan. Gerakkan pula dengan <XY Rotation>, <Z Rotation>, <Translation>, atau <Zoom>
Untuk melihat gambar 3 dimensi yang bagus banget, maka klik <Display> dan pilihlah <Raytrace>
Jangan lupa simpan gambar strukturnya dengan memilih <File> dan <Save>, kemudian beri nama file (misal gambar 1).
MENGUBAH STRUKTUR MOLEKUL
Bagaimana membuat struktur Toluena dengan mengubah dari Benzena ?
Klik menu <File>, pilih <Open>, carilah file `Benzene' di direktori C:\Hyper80\ Samples\aromatic
Klik file `Benzene' dan <Open>, maka akan muncul struktur Benzena
Klik menu <Select> dan pilih <Atoms>, ingat jangan pilih dulu <Multiple Selections>, karena hanya akan memilih satu pilihan saja
Klik kiri mouse tepat di atas salah satu atom H sampai ada tanda lingkaran, tanda berhasil memilih, kemudian pilih tombol <Delete> pada keyboard
Klik button [Draw] 
2 kali dengan cepat sehingga muncul <Element Tabel>
2 kali dengan cepat sehingga muncul <Element Tabel>Klik 1 kali huruf <C> pada <Element Tabel>
Klik kiri mouse l kali tepat pada posisi atom H yang dihapus
Tarik garis ikatan dari atom C baru ke atom C yang dihilangkan atom H-nya, dengan cara menekan tombol kiri mouse tepat di atas atom C baru, tahan dan geserkan ke atom C yang hilang atom H-nya
Klik <Build> dan pilihlah <Add H & Model Build>
Klik button [XY Rotation] dan gerakan molekul sehingga atom H yang lain tampak
dan gerakan molekul sehingga atom H yang lain tampaksource:http://kimia.unnes.ac.id/kasmui/komputasi/diktat_hyper.htm
MENGENAL HYPERCHEM
Apa itu HyperChem?
HyperChemÒ ialah suatu program simulasi dan pemodelan molekular yang memung-kinkan perhitungan kimiawi yang kompleks. HyperChem mencakup fungsi-fungsi berikut:
1. Membuat sketsa dwimatra (2D) molekul dari atom-atom penyusunnya, lalu mengubahnya menjadi model trimatra (3D) dengan HyperChem Model Builder.
2. Memilih residu-residu standar secara berurutan dari perpustakaan asam amino dan nukleotida HyperChem/Lite untuk membangun protein dan asam nukleat.
3. Membaca tipe atom dan koordinat molekular yang telah disimpan sebagai arsip HIN (masukan HyperChem yang dibuat sebelumnya) atau arsip ENT (mengambil dari sumber lain, yaitu Brookhaven Protein Data Bank/PDB)
4. Menata kembali molekul, misalnya dengan memutar atau menggesernya.
5. Mengubah kondisi tampilan, termasuk penampakan ruang, model molekul, dan label struktural.
6. Merancang dan melakukan perhitungan kimiawi, termasuk dinamika molekular.
Tersedia berbagai metode mekanika molekular maupun mekanika kuantum (semiempiris atau ab initio). Perhitungan mekanika molekular menggunakan medan gaya MM+, AM-BER, BIO+, atau OPLS, sedangkan mekanika kuantum semiempiris meliputi extended Hückel, CNDO, INDO, MINDO3, MNDO, AM1, PM3, ZINDO/I, dan ZINDO/S.
7. Penetapan efek isotop dalam perhitungan analisis vibrasional untuk metode-metode SCF ab initio dan semiempiris.
8. Membuat grafik Excel dari hasil perhitungan kimiawi.
9. Mensolvasikan molekul dalam kotak periodik.
HASIL PERHITUNGAN DENGAN HYPERCHEM
Prediksi:
HyperChem dapat digunakan untuk menentukan bebe-rapa sifat struktur antara lain :
| · Stabilitas relatif dari beberapa isomer · Panas pembentukan · Energi aktivasi · Muatan atom · Beda energi HOMO-LUMO · Potensial Ionisasi · Afinitas elektron · Momen dipol · Tingkat energi elektronik · Energi korelasi elektron MP2 | · Energi keadaan tereksitasi CI · Sifat dan struktur keadaan transisi · Energi interaksi non-bonded · Spektra serapan UV-VIS · Spektra Absorpsi IR · Pengaruh isotop pada vibrasi · Spektra serapan IR · Efek Collision pada sifat struktur · Stabilitas dari kluster |
Simulasi
- Interaksi Docking
- Pengaruh temperatur pada gerakan molekul
- Pengaruh pelarut pda struktur dan dinamika
- Interaksi intermolekular pada kluster
Langganan:
Postingan (Atom)